RSH Prof. Soeparwi memiliki apotek khusus yang menyediakan berbagai obat dan keperluan lain untuk hewan. Apotek ini terletak di dalam bangunan dekat dengan pintu masuk, di sebelah meja pendaftaran. Pasien dapat mengambil obat langsung setelah pemeriksaan dokter selesai. Obat-obat yang diberikan sesuai dengan diagnosis yang diberikan oleh dokter.   Apoteker yang bertanggung jawab yaitu Dr. apt. Nunung Yuniarti, S.F., M.Si.